Çimlenme olayım tohumun bünyesinde gerçekleşen çeşitli fizyolojik ve biyokimyasal değişikliklerden meydana gelir. Bu olay ortamda bulunan suyu tohum tarafından emilmesi ile başlamaktadır. Etkisi ile de tohum kabuğu yumuşamakta, protoplazma sulanır tohum şişerek kabuğu çatlatır.
Çimlenmiş olan tohum da suyun alınmasını takip eden solunum hızındaki artıştır. Çimlenmenin devam etmesi için suda çözünmeyen yapıdaki maddeler enzimler aracılığıyla çözünebilir basit maddeler haline geçer ve büyüme noktalarına taşınır. Büyüme noktalarında büyüme için gerekli olan enerji sağlamada bu maddeler kullanılır. Tohumun çimlenmesi oldukça karmaşıktır. Çimlenme mekanizması şu şekilde sıralanabilir:
Tohumun Çimlenme Mekanizması Ortam koşulları uygunsa tulum su alarak şişmeye başlar ve tohum kabuğu çatlar. Alınan su içerisindeki asit etkinliğini azaltır. Suyun etkisi ile giberellin üretilir. Giberellin absisik asidin etkinlik azaltır amilaz etkinliğini artırır. Ameliyattan dolayı nişasta glikoza indirgenir. Glikoz çatlamış olan kabukla birlikte fazla miktardaki oksijeni kullanarak Solunumda harcar. Çimlenme ile birlikte tohumda ağırlık azalması gerçekleşir. Metabolizma hızlandıkça hücre bölünmesi hızlanmaktadır. Bitkiye yeni hücre ve dokular katılmaktadır. Bitki uç ile Boyca ve kambiyum ile de önce kalınlaşmaktadır. Bitkinin gelişmesinde etkili olan faktörlerBitki gelişiminde etkili olan çeşitli faktörler bulunmaktadır. Bu faktörlerin başında su, sıcaklık, ışık, pH, tuz ve mineral ile hormonlar etkilidir. Bu faktörler de kendi içerisinde çeşitli başlıklarda incelenirler. Örneğin madde taşınımında hidroliz reaksiyonlarının gerçekleştirilmesinde rol oynarken sıcaklık ise terleme üzerinde rol oynamaktadır. Işığın hormonların ve minerallerin etkili olduğu alanlarda bitkinin ve tohumun büyümesi üzerinde etkindir.
Çimlenmeye Etki Eden Dış ŞartlarÇimlenme başlamak için tohum uygun çevre koşulları bulmazsa çimlenme gerçekleşmez. Tohumun çimlenmesi için toplum üzerinde etkili olan çevre faktörleri su, oksijen, ışık ve sıcaklıktır. Çimlenme olayında ilk basamak su tarafından oluşturulur. Su emildikten sonra tohum kabuğu ve yapısı değişir. Çimlenen tohuma verilen su çimlenme hızı ve çimlenme gücünü etkiler. Çimlenme için gereken diğer bir çevre faktörü de sıcaklıktır.
Belirli sıcaklıkta tohum çimlenebilir çimlenmeden sonra da sıcaklık etkindir. Her canlının ihtiyaç duyduğu gibi çimlerde solunum yaptıkları için oksijene ihtiyaç duyarlar. Çimlenme esnasında tohumun solunum hızı artmakta ve çok miktarda oksijene ihtiyaç duymaktadır. Oksijenin azlığı çimlenmeyi olumsuz etkileyebilir. Işık da çimlenmenin başlaması üzerinde etkilidir. Tohumların çoğalmasında önemli rol oynamaktadır.